|
|
Trávicí proteasy termitů
Čermáková, Markéta ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Ryšlavá, Helena (oponent)
Narozdíl od trávení celulosy nebyla u termitů dosud studována trávicí proteolýza, proto byly v diplomové práci analyzovány proteolytické enzymy trávicího traktu významných termitích škůdců Reticulitermes santonensis a Coptotermes formosanus (čeleď Rhinotermitidae). Pomocí panelu specifických substrátů a inhibitorů byly kvantifikovány a klasifikovány proteasy v jednotlivých kompartmentech střeva. Hlavní proteasy byly identifikovány ve středním střevě jako endogenní serinové proteasy trypsinového typu; v bachoru byly detekovány minoritní cysteinové proteasy, které jsou pravděpodobně produkovány symbiotickými organismy. Hlavní trypsinová proteasa termita R. santonensis (RsSP) byla chromatograficky izolována jako protein o 26 kDa a byla určena její N-koncová sekvence. S využitím selektivních proteasových inhibitorů byla prokázána fyziologická významnost trávicí trypsinové proteasy v testech in vivo s termitem C. formosanus. Na základě analýzy proteas u dalších 12 druhů termitů bylo navrženo obecné schéma trávicí proteolýzy u řádu Isoptera.
|
|
|
Structural characterization of interaction between transcription factors and DNA
Filandrová, Růžena ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Vondrášek, Jiří (oponent) ; Wimmerová, Michaela (oponent)
Strukturní charakterizace interakce transkripčních faktorů s DNA Mgr. Růžena Filandrová Abstrakt Transkripční faktory jsou proteiny, které regulují expresi genů skrze svou interakci s DNA a dalšími faktory. Tím buňce umožňují reagovat na různé vnitřní i vnější podněty a hrají proto důležitou roli v mnoha buněčných dějích jako je například regulace buněčného cyklu, diferenciace buněk během vývoje organismu nebo imunitní reakce. K pochopení těchto dějů je nezbytná nejen znalost 3D struktury samotných transkripčních faktorů, ale i mechanismů jejich vazby na DNA. Nicméně, některé typické vlastnosti transkripčních faktorů, jako je například přítomnost nestrukturovaných oblastí, způsobují, že je velmi obtížné určovat jejich 3D strukturu klasickými metodami s vysokým rozlišením. Z těchto důvodů mohou být pro popis struktury komplexů transkripčních faktorů s DNA s výhodou využity metody s nižším rozlišením, jako je například strukturní hmotnostní spektrometrie, která byla použita v této práci. V první části této práce byl nejprve optimalizován soubor metod strukturní hmotnostní spektrometrie se zaměřením hlavně na optimalizaci podmínek vodík/deuteriové výměny (HDX-MS) pro jejich využití k analýze komplexů transkripčních faktorů s DNA. Následně pak byly pomocí těchto metod charakterizovány dva komplexy...
|
|
|
Studium enzymů sekretovaných oomycetou Pythium oligandrum
Hrdinová, Karolína ; Ryšlavá, Helena (vedoucí práce) ; Kubíčková, Božena (oponent)
Pythium oligandrum je jedním z nepatogenních zástupců rodu Pythium, který nalezl uplatnění jako prostředek biologické ochrany rostlin. Hlavní mechanismus účinku této oomycety spočívá v indukci obranného systému rostlin pomocí elicitorů a v mykopa- razitismu patogenních hub a houbám podobných organismů, které oomyceta napadá pomocí řady hydrolytických enzymů, jež uvolňuje do svého okolí. V první části této práce byla sledována aktivita hydrolytických enzymů endo-1,3-β-glukanasy, celulasy, chitinasy a proteas v komerčním přípravku na ochranu rostlin na bázi Pythium oligandrum, Polyversum-Biogarden. Bylo zjištěno, že přímé působení hydrolytických enzymů pravděpodobně není hlavním mechanismem účinku tohoto přípravku, nebot' aktivita glykosidas významněji narůstá až po šestihodinové inkubaci přípravku ve vodě a proteolytická aktivita nebyla prokázána. V druhé části práce byly studovány vlastnosti proteas sekretovaných oomycetou Py- thium oligandrum. Nejvyšší proteolytická aktivita byla zjištěna při pH 6,5. Ovomukoid působil jako inhibitor sekretovaných proteas. Byla sledována také stabilita proteas, kte- rou snižovaly SDS i detergenty v tekutých mýdlech, roztok tuhého mýdla nebo NaOH; močovina ji...
|
|
|
Modulation of HIV-1 Protease Activity
Pokorná, Jana ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Šedo, Aleksi (oponent) ; Ruml, Tomáš (oponent)
HIV-1 proteasa hraje zásadní roli v pozdní fázi životního cyklu HIV viru, kdy štěpí virové polyproteinové prekursory na strukturní a funkční proteiny. Pokud je účinně inhibována, HIV partikule zůstávají nezralé a neinfekční. Použití vysoce účinné antiretrovirové léčby (HAART) zahrnující proteasové inhibitory může snížit hladinu HIV-1 v plasmě pacientů pod detekční limit, a tak velmi významně zlepšit prognózu jejich onemocnění. Použití prvních inhibitorů bylo poznamenáno vážnými vedlejšími účinky, nízkou biologickou dostupností, nutnými vysokými dávkami léčiv a především rychlým rozvojem virové rezistence pod selekčním tlakem léčiv. Ve snaze překonat tyto komplikace byla vyvinuta druhá generace inhibitorů. Navzdory nespornému zlepšení, které přinesly do antiretrovirové léčby, je další vývoj nových velmi účinných HIV-1 proteasových inhibitorů s optimálními farmakokinetickými vlastnostmi, vysokou metabolickou stabilitou, minimalizovanými vedlejšími účinky a především s příznivým rezistenčním profilem vysoce žádoucí. V předkládané disertační práci je uveden přehled léků k léčbě HIV spolu s vývojem substituovaných metallakarboranů, nové třídy účinných, neobvyklých, nepeptidických inhibitorů HIV proteasy s terapeutickým potenciálem. Dále je analyzován vliv substitucí v protease na vývoj rezistence vůči...
|
|
|
Trávicí proteasy termitů
Čermáková, Markéta ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Ryšlavá, Helena (oponent)
Narozdíl od trávení celulosy nebyla u termitů dosud studována trávicí proteolýza, proto byly v diplomové práci analyzovány proteolytické enzymy trávicího traktu významných termitích škůdců Reticulitermes santonensis a Coptotermes formosanus (čeleď Rhinotermitidae). Pomocí panelu specifických substrátů a inhibitorů byly kvantifikovány a klasifikovány proteasy v jednotlivých kompartmentech střeva. Hlavní proteasy byly identifikovány ve středním střevě jako endogenní serinové proteasy trypsinového typu; v bachoru byly detekovány minoritní cysteinové proteasy, které jsou pravděpodobně produkovány symbiotickými organismy. Hlavní trypsinová proteasa termita R. santonensis (RsSP) byla chromatograficky izolována jako protein o 26 kDa a byla určena její N-koncová sekvence. S využitím selektivních proteasových inhibitorů byla prokázána fyziologická významnost trávicí trypsinové proteasy v testech in vivo s termitem C. formosanus. Na základě analýzy proteas u dalších 12 druhů termitů bylo navrženo obecné schéma trávicí proteolýzy u řádu Isoptera.
|
|
|
Prolyl endopeptidasa z krevničky Schistosoma mansoni
Fajtová, Pavla ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Ryšlavá, Helena (oponent)
Prolyl endopeptidasa SmPEP z krevničky střevní (S. mansoni) nebyla dosud studována. Tento enzym je zajímavý z pohledu vyhledávání nových molekulárních cílů pro léčbu schistosomózy. SmPEP byla detekována v extraktu z dospělých červů krevničky střevní pomocí enzymové aktivity a imunoreaktivity Aktivní forma SmPEP byla připravena jako rekombinantní protein v expresním systému E. coli a byla chromatograficky izolována. Rekombinantní SmPEP vykazuje pH optimum cca 8. Analýza substrátové specifity ukázala, že SmPEP štěpí peptidové substráty v endopeptidasovém módu, ale nikoli makromolekulární proteinové substráty. Pomocí syntetických flurogenních peptidových substrátů byly určeny preference pro aminokyseliny v pozicích P3-P1'. Byla určena inhibiční specifita SmPEP a jako nejúčinnější inhibitory nalezeny Z-Ala-Pro-CMK a Z-Arg-Pro-CHO. Pro rekombinantní SmPEP byly nalezeny primární krystalizační podmínky.
|
host ::
RSS.